インデックス数を確認する為に site: コマンド を使ってはいけない。

site:example.com

site: コマンドは、URLを限定してキーワード検索する為のものであり、インデックス数の確認や、変更したURLが書き換わっているかをチェックするためのものではない。(その目的で使っても正確な値が表示されるわけではない)

インデックス数の確認などは、サーチコンソールを使うこと。

Google検索のインデックス確認にsite:を使ってはいけない、Search Consoleを使う
https://www.suzukikenichi.com/blog/dont-use-site-search-operator-to-look-into-index-status/

site:検索の結果はコア アップデートの影響を受けるのか？
https://www.suzukikenichi.com/blog/does-core-update-affect-site-command/